一、系（4個）

1.針灸系

下設：針灸學基礎教研室、針灸學臨床教研室、實驗針灸學教研室，針藥結合教育部重點實驗室

2.推拿系

下設：推拿學基礎教研室、推拿學臨床教研室、傳統功法教研室

3.健康養生系

下設：中醫養生學教研室、中醫治未病教研室、食品衛生與營養學教研室，江蘇省中醫藥健康養生技術工程研究中心

4.康複系

下設：康複基礎教研室、臨床康複教研室、中醫康複基礎教研室、中醫康複臨床教研室

二、教研室（13個）

1.針灸學基礎教研室 

2.針灸學臨床教研室

3.實驗針灸學教研室

4.推拿學基礎教研室

5.傳統功法教研室（與推拿學基礎教研室合署）

6.推拿學臨床教研室

7.康複基礎教研室

8.臨床康複教研室

9.中醫康複基礎教研室

10.中醫康複臨床教研室（與中醫康複基礎教研室合署）

11.中醫養生學教研室

12.中醫治未病教研室（與中醫養生學教研室合署）   

13.食品衛生與營養學教研室

三、中心、實驗室（3個）

1.教學實驗中心

2.江蘇省中醫藥健康養生技術工程研究中心  

    3.針藥結合教育部重點實驗室（江蘇省針灸學重點實驗室挂靠）

    四、行政辦公室（4個）

    1.綜合辦公室

    2.教學辦公室

    3.學科建設與科研管理辦公室

    4.學生工作辦公室/分團委